Der EJF e. V. bildet die vereinsrechtliche Grundlage des Unternehmensverbunds und ist alleiniger Aktionär der EJF gAG. Er verfolgt gemeinnützige, mildtätige und kirchliche Zwecke und setzt sich insbesondere für die Jugend-, Behinderten- und Altenhilfe ein. Zugleich betreibt er eigene Angebote und Einrichtungen, vor allem im Diakoniezentrum Heiligensee, und verantwortet dort unter anderem die Vermögens- und Liegenschaftsverwaltung sowie die Infrastruktur des Geländes.